Het verteren van organische materialen kan gebeuren door middel van rijping of rotting: aeroob (met zuurstof) of anaeroob (zonder zuurstof).
Fermentatie is ook anaeroob en is feitelijk gecontroleerde verrotting. De celwanden van de materialen worden wel aangetast, maar veel meer dan voorgekauwd wordt het niet. Zuurkool is bijvoorbeeld gefermenteerd. Gefermenteerd voedsel (niet alleen zuurkool) is bijzonder gezond, omdat het levend voedsel is: de micro-organismen in het voedsel gaan interacties aan met onze darmflora, wat een goede training is voor ons immuunsysteem. Bij gebrek aan training kunnen auto-immuunziekten (een immuunreactie op lichaamseigen stoffen en cellen) en allergieën (een overdreven reactie op lichaamsvreemde stoffen) optreden.
De verschillen tussen verrotting en rijping zijn bijzonder groot:
- Bij verrottingsprocessen zijn alleen de anaerobe bacteriën actief. Deze hebben een heel andere stofwisseling, waardoor er heel veel voedingsstoffen omgezet worden in (gif)gassen:
- zwavel wordt omgezet in waterstofsulfide, bekend van de rotte-eierenlucht, en gaat dus verloren;
- er komt waterstofchloride vrij, opgelost in water heet dit zoutzuur, een verlies van chloride;
- er komen koolwaterstoffen vrij, zoals het broeikasgas [methaan], wat een verlies van koolstof betekent;
- het gifgas fosfine betekent een verlies van fosfor;
- er worden alcoholen geproduceerd die in concentraties van een paar moleculen per miljoen al de cellen van plantenwortels doden.
- Bij rijpingsprocessen zijn aerobe (actino)bacteriën en schimmels betrokken:
- voedingsstoffen zoals stikstof worden geïmmobiliseerd in de biomassa van de bacteriën en schimmels;
- schimmels maken essentiële voedingsstoffen vrij, zoals zink, koper, magnesium, mangaan en molybdeen, zodat ze opneembaar zijn voor de plant;
- schimmels produceren vitaminen en enzymen. Een voorbeeld van zo'n enzym is chitinase. Chitinase wordt gebruikt om chitine af te breken. Chitine is het materiaal waar het exoskelet van insecten van gemaakt is (en schimmeldraden bevatten ook chitine). Planten nemen de chitinase op en kunnen zich daarmee verweren tegen insecten: als een insect het enzym proeft, vliegt deze weg -- maar hij gaat niet dood! Hij is gewoon bang dat zijn exoskelet oplost door het enzym.
- Zink is een heel belangrijke voedingsstof, die planten en dieren (zoals mensen) nodig hebben voor hun weerstand, schimmels (en wormen) maken deze vrij en beschikbaar voor de plant (en uiteindelijk voor dieren).
Het voorkomen van verrottingsprocessen en het stimuleren van rijpingsprocessen zorgt voor gezondheid op elk niveau.